Natif de Vienne (38), Fabien Boyer a été formé à l’Olympique Lyonnais avant de rejoindre successivement Jura-Sud Foot, le Stade Rennais (II), Angers SCO, la Berrichonne de Châteauroux, KV Courtrai (BEL), l’US Créteil-Lusitanos et le Grenoble Foot 38. Durant sa carrière, il a disputé 51 matchs de Domino's Ligue 2.
Lors de la saison 2018-19, il a été victime d’une rupture des ligaments croisés du genou en match de préparation face… au FC Annecy le 17 juillet 2018.
Fabien Boyer est la troisième recrue du club après le défenseur central Bissenty Mendy (CS Sedan-Ardennes) et l'attaquant Anderson Banvo (FC Martigues)